Rumah Sakit Umum Daerah Kota Baubau secara geografis terletak di Kecamatan Murhum bagian utara diantara 5º47’-5º48’ Lintang Selatan dan 122º59’-122º60’ Bujur Timur, berlokasi di Jalan Drs. H. La ode Manarfa No.20 Kelurahan Baadia,Kecamatan Murhum, Kota Baubau, dengan luas tanah 6000 m² dan luas bangunan 2071,10 m². Dengan lokasi yang sangat strategis dan dikelilingi oleh pusat-pusat pertumbuhan ekonomi, sosial dan budaya sehingga sangat potensial untuk pengembangan di masa mendatang.
RSUD Kota Baubau merupakan rumah sakit rujukan bagi fasilitas kesehatan yang menjadi milik Pemerintah Kota Baubau untuk itu keadaan geografis dan demografi RSUD Kota Baubau digambarkan dari keadaan geografis dan demografi Kota Baubau.
Seiring dengan pertumbuhan penduduk Kota Baubau dan perkembangan pembangunan wilayah Kota Baubau, sarana dan prasarana rumah sakit yang ada dinilai sudah tidak layak lagi, maka sejak tahun 2002 Pemerintah Kota Baubau merencanakan relokasi ke tempat yang lebih luas di kawasan Palagimata. Pembangunan fisik secara bertahap dimulai tahun 2003 sampai sekarang dan dibangun diatas lahan seluas 41.470 m² dan luas bangunan 2071,10 m².
Sejarah RSUD Kota Baubau bermula dari pendirian rumah sakit ini pada zaman kolonial Belanda yang berlokasi di pusat kota Baubau tepat di depan Pelabuhan Baubau. Setelah kemerdekaan dan pembentukan Provinsi Sulawesi Tenggara pada tahun 1959, rumah sakit tersebut kemudian menjadi Rumah Sakit Kabupaten Buton. Pada tahun 1978 Rumah Sakit Kabupaten Buton ditetapkan sebagai Rumah Sakit Type D, dan selanjutnya sesuai Keputusan Menteri Kesehatan tahun 1997 ditetapkan sebagai Rumah Sakit Type C.
Berdasarkan Undang-undang Republik Indonesia Nomor 13 Tahun 2001 tentang Pembentukan Kota Baubau, maka RSUD Kabupaten Buton diserahkan kepada Pemerintah Kota Baubau dan berubah nama menjadi RSUD Kota Baubau. Hal tersebut sejalan dengan penyerahan aset-aset Pemerintah Kabupaten Buton yang ada di wilayah administratif Kota Baubau kepada Pemerintah Kota Baubau, termasuk seluruh SDM yang ada di RSUD Kabupaten Buton tersebut. Pada bulan Agustus tahun 2008 rumah sakit pindah di Palagimata dan beroperasi secara penuh dengan status kepemilikin oleh Pemerintah Kota Baubau.
RSUD Kota Baubau merupakan salah satu rumah sakit yang ada di eks Kabupaten Buton yang kini telah dimekarkan menjadi 4 Kabupaten/Kota yaitu Kota Baubau, Kabupaten Buton, Kabupaten Bombana dan Kabupaten Wakatobi. Posisi strategis Kota Baubau membuat pusat rujukan Pelayanan Kesehatan bagi keempat daerah tersebut bertumpu pada RSUD Kota Baubau Hal ini merupakan peluang pengembangan RSUD untuk meningkatkan pelayanan. Didukung dengan keberhasilan RSUD Kota Baubau dalam meraih kelulusan sebagai Rumah Sakit Berakreditasi Paripurna Nomor: KARS-SERT/278/XII/2019 yang berlaku sampai dengan tanggal 18 Desember 2021.
Sebagai salah satu instrument dalam pelayanan kesehatan tersebut adalah pengelolaan manajemen Rumah Sakit yang multi kompleks. Sebagai satu institusi, RSUD Kota Baubau selalu dituntut meningkatkan kualitas peralatan, namun di pihak lain dituntut pula untuk mengutamakan pelayanan kepada masyarakat banyak. Kedua fungsi tersebut dapat dipadukan sehingga RSUD dapat menjadi suatu ” Lembaga Sosial Economi ” dimana fungsi -fungsi ekonomi dapat digunakan untukmembiayai fungsi sosialnya.
Bertolak dari pemikiran tersebut dengan memperhatikan posisi strategis Kota Baubau, maka ke depan sudah saatnya dipikirkan pengembangan RSUD Kota Baubau sebagai pusat rujukan ke-2 di Propinsi Sulawesi Tenggara. Hal ini dimungkinkan mengingat.
RSUD Kota Baubau berdasarkan PERDA Kota Baubau No 6 Tahun 2020 menerapkan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah (PPK-BLUD) dan sekarang disebut dengan BLUD RSUD Kota Baubau.
RSUD Kota Baubau berdasarkan PERDA Kota Baubau No 6 Tahun 2020 menerapkan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah (PPK-BLUD) dan sekarang disebut dengan BLUD RSUD Kota Baubau.
Nama-nama Direktur Rumah Sakit dari masa ke masa
Kerjasama dari berbagai pihak untuk memberikan layanan kepada masyarakat secara menyeluruh.